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细粒棘球绦虫原头蚴mRNA测序及表达谱分析

巨艳  
【摘要】:目的通过对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序及表达谱分析,初步建立起细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库,了解细粒棘球绦虫原头蚴基因表达及蛋白构成情况,为全面了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征及寄生虫与宿主之间的关系奠定基础并为新的诊断方法、筛选新的药物靶点和疫苗候选分子选择提供理论依据。 方法1.样本制备:用TRIZOL法提取人源细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA;2.Illumina的solexa测序平台对RNA进行测序:○1全转录组RNA片段化包括用oligo(dT)富集poly(A)RNA,对RNA进行片段化及纯化操作,分析片段化RNA的产量及片段大小分布○2扩增文库的建立包括反转录及纯化cDNA,cDNA扩增,片段大小选择,纯化,分析扩增后DNA产量及片段大小的分布,○3Solexa system模板制备及测序○4测序的结果通过去杂处理后进行从头拼接获得unigene。3.获得的unigene通过与NCBI的非冗余数据库,GO数据库及KEGG数据库的比对进行注释及代谢通路分析。 结果1.提取的总RNA使用核酸蛋白定量仪所得的OD260/OD280为1.81,浓度为42.75μg/μl,总质量超过200μg符合测序要求。 2.测序结果去杂后得到2G数据,通过从头拼接我们得到18569个contig,这些contig的总长度为71329bp,contig平均长度为384bp,最小的contig长度为201bp,最大contig长度为4618bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大序列重叠群的长度)为384bp。预测得到unigene为9029条 3.我们将这9029条基因与NCBI的nr数据库做blast比对,最终有7441条unigene具有同源比对信息。根据GO分析可以发现,共有10550条unigene与数据库中的基因有较高同源性,且较多的unigene可以与多条基因相对应,一共建立了10550条对应关系。通过与KEGG数据库进行比对分析,细粒棘球绦虫原头蚴的转录组中有4731条unigene得到注释,这4731个得到注释的基因位于241条代谢通路中,这些代谢通路分别与代谢过程,基因信息过程,环境相关过程,细胞过程及与人类疾病相关 结论1.总结出一套适合细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA提取方法2.完成对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序,建立中国细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库3.完成对细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱的分析,对获取的数据用生物信息学的方法完成基因注释及功能分类。4完成了对原头蚴相关代谢途径的初步分析。


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