伊犁马流产相关病毒的鉴定分析

【摘要】：目的:为明确伊犁马流产病毒的多样性,揭示导致伊犁马流产主要病毒的流行特征,为伊犁马病毒性流产的防控奠定基础。方法:(1)利用高通量测序对93份伊犁马流产样品进行病毒检测;(2)根据注释到的病毒序列设计引物,对流产样品和人鼻拭子样品进行PCR检测;(3)对获得的病毒序列进行分析,阐明其遗传变异本底;(4)建立HPV-115和HPV-124荧光定量检测方法。结果:(1)病毒组学共产生73 237 142条reads,有16 058条reads(0.022%)注释为马疱疹病毒、人乳头瘤病毒等;(2)3份伊犁马流产胎儿样品携带EHV-2,阳性率为3.2%(3/93);同源性分析结果显示,鉴定的3株EHV-2 g B基因核苷酸序列和氨基酸序列之间的同源性分别为99.9%～100%、99.6%～100%,与国外及国内EHV-2参考株g B基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为91.6%～96.4%和90.8%～96.2%,其中26个氨基酸位点发生了突变,表明3株EHV-2 g B基因具有遗传变异多样性;遗传进化分析显示鉴定的3株EHV-2与国外EHV-2参考株处于同一进化分支,亲缘关系较近,与引起新疆马呼吸道疾病的EHV-2参考株处于不同进化分支;(3)HPV-115在流产样品中的阳性率为24.7%(23/93),表明马感染HPV-115可能导致流产;进一步调查显示,HPV-115在有马场接触史的人群鼻拭子样品中的阳性率为59.5%(25/42),而无马匹接触史人员鼻拭子样品呈阴性(0/20),表明马源HPV-115有感染人的风险;鉴定的马源及人源HPV-115 L1基因序列同源性为99.7%～100%,与阿根廷人源HPV-115参考株GC02 L1基因同源性为99.5%～99.7%,表明本研究鉴定的HPV-115为新的变异株;遗传进化树分析显示本研究鉴定的马源及人源HPV-115与阿根廷人源HPV-115参考株GC02处于Beta-3 HPV进化分支;(4)HPV-124在流产样品中的阳性率为18.3%(17/93),提示马HPV-124感染可能导致流产;进一步调查显示,HPV-124在有马场接触史人群鼻拭子样品中阳性率为16.7%(7/42),而无马匹接触史人员鼻拭子样品呈阴性(0/20),表明马源HPV-124有感染人的风险;鉴定的马源及人源HPV-124 E6基因序列同源性为96.4%～100%,与美国人源HPV-124参考株NJ3900 E6基因同源性为98.0%～100%;遗传进化分析显示本研究鉴定的马源及人源HPV-124与美国人源HPV-124参考株NJ3900处于Beta-1 HPV进化分支;(5)建立的HPV-115、HPV-124 SYBR Green q PCR检测方法检测最低下限分别为10~1copies/μL、10~2copies/μL,灵敏度显著高于普通PCR。结论:(1)首次在伊犁马流产胎儿样品中检测到EHV-2;(2)首次在马流产样品中发现HPV-115、HPV-124,也是首次在流产样品中检测到该病毒;(3)马源HPV-115、HPV-124有传人风险,具有重要公共卫生学意义;(4)建立了HPV-115、HPV-124 SYBR Green q PCR检测方法。