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PRRSV-XJPRRSV1/03株结构蛋白基因的克隆与序列分析

马伟  
【摘要】: 本研究从培养好的PRRSV XJPRRSV1/03株提取总RNA,参考VR2332和CH-1α株基因序列,设计6对引物GP2-1/GP2-2、GP3-1/GP3-2、GP4-1/GP4-2、GP5-1/GP5-2、M1/M2、N1/N2,应用RT-PCR方法分段扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)XJPRRSV1/03株的结构蛋白基因。分别克隆到pMD-18T载体和pGM-T载体并进行测序。应用DNAstar生物学软件对所测得的序列进行处理后,得到XJPRRSV1/03株的GP2、GP3、GP4、GP5、M、N基因ORF全长分别为771nt、765nt、537nt、603nt、525nt和372nt,分别编码256,254,178,200,174和123个氨基酸。将此6个基因序列分别与国内外已发表的VR-2332.RespPRRS MLV,BJ-4和欧洲型代表株LV等17个毒株相应基因序列进行了同源性比较。结果发现XJPRRSV1/03株与美洲型毒株GP2蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为92.7-99.7%和91.1-100%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为65.2和63.7%;XJPRRSV1/03株与美洲型毒株GP3蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为90.3-95.7%和87.5-95.3%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为73.4和75%;XJPRRSV1/03株与美洲型毒株GP4蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为90.0-99.8%和88.9-100%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为67.8%;XJPRRSV1/03株与美洲型毒株GP5蛋白基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为89.7-95%和88.3-97.5%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为64.2和58.9%;XJPRRSV1/03株与美洲型毒株M基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为94.3-99.8%和97.2-100%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为68.6和78.9%;XJPRRSV1/03株与美洲型毒株N基因的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为93.3-97.3%和93.6-99.2%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸及其推定的氨基酸的同源性分别为67.4%和64.8%。同源性分析显示,XJPRRSV1/03株与S1,VR-2332,RespPRRS MLV,CC-1和BJ-4的同源性非常高,而XJPRRSV1/03与欧洲型代表株LV同源性非常低。构建的系统发育树分析,XJPRRSV1/03与S1,VR-2332,RespPRRS MLV,CC-1和BJ-4株亲缘关系比较密切。从而表明XJPRRSV1/03株属于美洲型毒株。


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