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大豆端粒相关序列的克隆、比较与染色体定位研究

吴伟  
【摘要】: 端粒相关序列(telomere associated sequence)具有种属间的特异性,可以作为研究和定位染色体末端的标记。本文采用9个端粒重复序列单引物对栽培大豆、半野生大豆和野生大豆进行端粒相关序列的PCR扩增,其中7个引物可以扩增出大小不同的特异性DNA片段。拟南芥型端粒引物扩增得到的PCR产物条带清晰,具有较好的重复性和稳定性。将扩增得到DNA测序,并对序列进行了生物信息学分析和染色体定位研究。本研究克隆了STAS-1452、STAS-1246、STAS-853、STAS-716、STAS-574、STAS-403和STAS-379共7个DNA序列。生物信息学分析发现:STAS-1452、STAS-853、STAS-574、STAS-403和STAS-379具有大豆端粒相关序列的特性,blastn分析结果表明上述序列与GenBank中的大豆端粒相关序列相似性较高,与其它物种的端粒相关序列相似性较低,存在不同拷贝数的拟南芥端粒重复单元和大量发生了碱基突变的重复单元,多数序列中存在着不同拷贝数的串联重复;而STAS-716和STAS-1246与GenBank上的大豆端粒相关序列不具有相似性,STAS-716序列内部仅有一个拷贝的拟南芥端粒重复单元,未出现其它物种类型的端粒重复单元,而STAS-1246中未见拟南芥类型和其它物种类型的端粒重复单元,亦不存在串联重复。染色体定位的结果表明:三种类型大豆共有的STAS-574位于Williams 82大豆基因组3号染色体的近末端,而STAS-1452、STAS-853、STAS-403和STAS-379序列中的不同大小的片段分别位于大豆基因组不同染色体的近末端。STAS-716和STAS-1246序列中不同大小的片段分别位于大豆基因组不同染色体的中部、近中部或近末端区域。本文通过三种类型大豆端粒相关序列的克隆、比较与染色体定位研究,有助于了解大豆染色体末端的进化过程,完成大豆分子遗传学与细胞遗传学图谱的整合。


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