鸡肉IMP含量相关候选基因SNP筛查及其用于地方鸡种群体遗传结构分析的研究

【摘要】：肌苷酸是影响肉品风味的重要物质基础之一。本研究以鸡肌苷酸合成代谢相关酶中的腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因、甘氨酰胺核苷酸合成酶(GARS)、5-氨基咪唑核苷酸合成酶(AIRS)和甘氨酰胺核苷酸转甲基酶(GART)基因为候选基因,在泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡等4个地方鸡种以及1个外来鸡种一隐性白羽肉鸡群体中对鸡ADSL、GARS-AIRS-GART基因进行单核苷酸多态性(SNP)扫描并分析其与地方鸡种肌肉肌苷酸含量之间的关系:同时分别利用29对微卫星引物以及在两个候选基因ADSL、GARS-AIRS-GART中所检测到的15个SNP位点对我国的4个地方鸡种的群体遗传结构及遗传分化进行评估,主要结果如下: 1.以泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡等4个地方鸡种与1个外来鸡种隐性白羽肉鸡12周龄母鸡为研究对象,比较了在相同的饲养管理条件下,不同品种鸡肌肉肌苷酸含量,发现了在不同鸡种的肌苷酸含量之间存在着显著差异(P0.05),进一步证实了鸡肌肉肌苷酸含量受遗传因素的影响显著,这为进一步从分子水平探讨我国地方鸡种特异鲜味机理的研究奠定了基础,对于从育种角度开发利用地方鸡种资源也具有重要意义。 2.以鸡IMP合成代谢过程中的腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因为候选基因,采用 PcR一ssCP结合序列测定的方法,在泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡及隐性白 羽肉鸡群体中对该基因的所有外显子与内含子的部分区域进行SNP扫描:(l)共检 测出多态位点5个,分别为外显子2中的3484处C/T,内含子5中7426处的T/C,内含 子6中7942处的G/C,外显子9中9839处的C/A以及内含子11中12546处的T/C。5个SNP 位点分别命名为ADSLI、ADSLZ、ADSL3、ADSL4、ADSLS;(2)ADSL4位点的C~A突 变为错义突变,导致对应的氨基酸序列的第273位氨基酸发生变异:脯氨酸(Pro) 一苏氨酸(Thr),尽管该位点的基因型分布在不同鸡种间存在显著差异,但进一 步的方差分析结果表明,该位点与胸肌肌昔酸含量之间并不存在关联;(3)其它4 个SNP位点在5个鸡种中的基因型分布也存在显著差异,但仅ADSLI位点显示出与 胸肌肌营酸含量之间存在着显著相关,其TT型(突变型)个体的肌普酸含量极显 著地高于另外CT型与CC型个体(P0.01),初步认为该位点可以作为肌肉IMP含量 的辅助选择标记。 3.以鸡IMP合成代谢过程中的甘氨酞胺核昔酸合成酶(GARS)一5一氨基咪吟核普酸 合成酶(AIRS)一甘氨酞胺核昔酸转甲基酶(GART)基因为候选基因,采用PCR一SSCP 结合序列测定的方法在泰和乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡等4个地方鸡种以及1 个外来鸡种一隐性白羽肉鸡对该基因的5’侧翼序列的263bP的片段、所包含的21 个外显子以及外显子/内含子的结合区域进行SNP扫描:(l)共检测出多态位点10 个,分别为5’侧翼序列中的一179处的c/T,外显子3中的5669处的A/G,外显 子4中6545处的C/A,内含子4中7777处的A/G,内含子6中10854处的G/T、10867 处的e/T、10898处的G/A,内含子11中16297处的A/G,内含子14中21228处的 C/T,外显子21中29686处的c/T。其中外显子4中的6545处的c~A突变导致对 应的氨基酸序列中的第173位氨基酸发生变异:天冬氨酸( Asp)一谷氨酸(Glu); 10个SNP位点依次命名为:GARSI、GARSZ、GARS3、GARS4、GARSS、GARS6、 GARS7、GARSS、GARSg、GARS 10;(2)10个SN’P位点在不同的鸡种中的基因 型分布差异显著(P0.05),进一步的方差分析显示,GASRI位点以及GARS3位点 与肌肉肌昔酸含量之间存在着显著的关联;(3)在所检测的5个群体中GARsl位