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普通野生稻单核苷酸多样性研究

郑小红  
【摘要】:普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)作为一种非常有价值的野生种质资源,受到科研工作者广泛地关注。 本文在水稻基因组12条染色体的两臂上各随机选择一个基因位点,共24个位点,在22个普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)材料中均测定并获得清晰的DNA序列18989bp。共发现了152个SNPs位点,其中转换92个(占60.5%),颠换60个(39.5%)。 普通野生稻的SNPs分布频率为θ:1.84×10~(-3),π:1.52×10~(-3)。基因编码区的SNPs频率θ:1.552×10~(-3),π:1.66×10~(-3)与基因内非编码区θ:1.38×10~(-3),π:1.03×10~(-3)相近,而远远低于基因之间非编码区SNPs频率θ:2.54×10~(-3),π:2.35×10~(-3)。 在普通野生稻中分布最多的是稀有SNPs(频率<10%),占其总SNPs的59.21%,随着SNPs次等位基因频率增加,SNPs数量呈明显下降趋势。 普通野生稻的24个基因位点上152个SNPs,共组成172种单倍型,单倍型多样性为0.5944。按普通野生稻不同地理来源分析单倍型多样性得出:海南普通野生稻的遗传多样性高于两广地区,广东与广西普通野生稻的遗传多样性接近。 从UPMGA聚类中可以看到:海南大多材料聚为一类、江西东乡单独聚为一类,广东广西趋向聚在一起。与前人的研究结果一致,即普通野生稻的分化与其地理分布有关。 本文还简单讨论了普通野生稻与地方栽培稻之间相同基因位点的DNA序列比较结果,普通野生稻之间的序列差异远远大于栽培稻之间的序列差异,其多样性是栽培稻的两倍。这些栽培种中缺少的SNP可能是普通野生稻进化到栽培稻过程中丢失的变异,地方稻种的遗传基础相对于野生稻来说已表现狭窄的趋势。


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