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HLA-DRB1基因编码区SNPs的分析及其与宫颈癌的相关性研究

李艳芸  
【摘要】:第1部分 HLA-DRB1基因编码区SNPs的筛选和预测 目的:HLA(human leukocyte antigen)基因多态性的差异在宫颈癌(cervical cancer,CC)的发病过程中发挥重要作用,本研究用生物信息学的方法筛选宫颈癌易感基因HLA-DRB1编码区的单核苷酸多态性(coding single nucleotide polymorphisms,cSNPs),并对其多态性的变异所引发的氨基酸变化是否会导致基因的功能异常进行分析和预测。 方法:以dbSNP数据库的SNPs为来源,用SNPper软件收集HLA-DRB1基因编码区的SNPs,使用PARSESNP软件对SNPs进行评价和分析,对候选SNPs位点在dbMHC数据库进行初步印证,然后对候选SNPs位点的相关信息进行收集和综合分析。 结果:在HLA-DRB1基因的编码区发现3个SNPs(rs1059582、rs1059576、rs1059586),其单核苷酸的变化会引发错义突变,PSSM Difference值(接近或大于10)较高,预测该SNPs为有害突变。另有两个SNPs(rs9269958、rs9269957)引发终止密码子的产生,经综合分析后调整为两组共同变异的SNPs(rs9269959-rs9269958、rs9269957-rs9269956),作为下游实验验证的候选SNPs。 小结:建立的生物信息学的方法可以对基因编码区的SNPs进行分析,在众多SNPs中搜寻出序列保守区的变异,并给出评价标准以衡量变异的有害程度,但是所得结果需要在宫颈癌患者与对照人群进行实验验证。 第2部分 HLA-DRB1基因EXON2的nsSNPs和单体型与宫颈癌的相关性研究 目的:探讨HLA-DRB1基因EXON2的非同义SNPs(non-synonymous SNPs,nsSNPs)和部分单体型与宫颈癌发病的相关性。


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