收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

欧文氏杆菌铁代谢相关基因生物信息学分析

刘廷辉  
【摘要】:铁是所有细菌活细胞代谢必要的微量营养元素。研究发现,铁不仅影响病原菌的生长,还与病原菌的致病性密切相关,它调控着许多致病基因的表达。本文通过实验证明了铁与植物病原细菌Erwinia carotovora var.carotovora(简称Ecc)和Erwinia carotovora subsp.atroseptica(Eca)的生长与致病性的关系,利用生物信息学方法查找和分析了Eca中与铁代谢相关的基因。 为了研究铁与植物病原细菌Ecc和Eca的生长与致病性的关系,本实验采用生物学测定和分子检测相结合的试验方法,用不同浓度的Fe~(3+)分别处理各供试菌株,测定了Ecc和Eca的生长与致病性。结果表明,在一定浓度下,Fe~(3+)对Ecc和Eca的各菌株生长及致病性均有促进作用,其中,0.1-1mmol/L的Fe~(3+)对其生长和致病性促进作用明显。 利用NCBI/Blast 2.2.13,DNAMAN,DNAStar和TreeView等软件对Eca基因组中与铁代谢相关的基因进行生物信息学分析,共查询到了70个与铁代谢相关的基因。其中,有50个基因为已知功能基因,20个为推测功能基因。在获得的70个基因中,12个参与铁载体合成,27个与Fe~(3+)吸收有关基因,3个与Fe~(2+)吸收有关,10个与亚铁血红素吸收有关,1个编码贮铁蛋白的基因,7个与铁吸收调控有关,还有11个基因可能与铁代谢有关。 采用序列相似性分析,找到了6个与fur功能相近的基因,其中有一个编码依赖锌的阻遏物基因zur。利用Fur-box的19bp的回文序列(GATAATGATAATCATTATC)在这70个基因中共找到了26个推测的Fur-box。 通过对与铁代谢相关基因构建系统进化树,发现除4个推测功能的基因外,其余66个基因在亲缘关系上与其功能分类基本吻合。


知网文化
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978