收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

山羊LF基因序列分析及SNPs研究

康静粉  
【摘要】: 本试验根据GenBank上已发表的牛的乳铁蛋白(Lactoferrin, LF)基因DNA序列和山羊mRNA序列进行引物设计,扩增山羊LF基因的部分5’UTR至外显子17序列片断,测序总长度为30306bp,已提交到GenBank,序列号为FJ609300。为比较反刍动物LF基因遗传变异与分化,同时测定了绵羊LF基因相应序列30340bp,序列号为:FJ541507。 根据测序结果检测到山羊LF基因序列上共30个突变位点,其中处于外显子的有1个,内含子的29个。依据序列号FJ609300上的位置来命名这些突变位点,处于外显子上的1个点突变为7605CT,引起氨基酸Arg136Trp突变。处于内含子上的29个突变位点分别为2428CG、2761CG、6053AG、6538AC、7363AG、8642CT、8655CT、9284CT、13719CT、15783AG、15820AG、16820AG、17774AT、17775AG、17793AG、17808AG、17855CG、18266CG、18428AG、18930AG、19764CT、19997CT、20740AG、20989CT、21146CT、21281CG、23146CT、24300CT、24720AG、25249AG。同时检测到绵羊LF基因序列上16个突变位点,都是内含子变异,依据序列号FJ541507上的位置来命名这些突变位点分别为:2432CT、2764CG、4197CT、4274AT、4633CT、11038CT、13045AG、13075AG、13482AG、18072AG、20660CT、21022CT、21625TG、21706TG、22583TG、22594CT。在山羊DNA序列中发现21个短散布元件和14个长散布元件。在绵羊DNA序列中发现19个短散布元件和14个长散布元件。另外,在山羊和绵羊DNA序列中各发现5个简单重复序列(SSR)。 7605CT位点上检测到C和T两个等位基因。所研究的10个中国地方山羊品种/品系(承德无角山羊、成都麻羊、济宁青山羊、雷州山羊、辽宁绒山羊、南江黄羊黑色系、南江黄羊高繁系、唐山奶山羊、内蒙古绒山羊、武安山羊)共300个个体。T等位基因频率(50.12%)稍高于C等位基因(49.88%)。从基因型分布看,10个中国地方山羊群体的基因型频率在各群体间差异较大。遗传多样性分析表明,10个中国地方山羊在7605CT位点具有较丰富的遗传多样性。群体遗传分化分析表明,10个中国地方山羊群体间的平均基因流为2.9433,平均遗传分化指数为0.0783。 本试验获得了山羊和绵羊LF基因完整编码区(CDS)序列,另外,从GenBank获得了60条不同物种LF基因完整CDS序列,比对分析LF基因在物种间和物种内的遗传变异和分化。大部分物种终止密码子使用TAA,(1个人变异个体使用TAG),而小鼠使用TGA( 1个变异体使用TAA)。物种间长度变异较大(2055bp~2190bp)。根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)分类法,相近物种的LF基因的CDS序列长度相同或相差较小。挪威鼠最长为2190bp,是由于终止密码子突变(TAAGAA)导致的66bp的延长。一个黑猩猩变异体(XM_001150238)LF基因CDS长度最短为2055bp,是由于81bp缺失片段造成的。物种内也存在长度变异,狗长度变异最复杂,其它物种LF基因CDS的变异较小。遗传多样性分析发现多数物种LF基因具有较丰富的遗传多样性,群体间的遗传多样性大于群体内。通过物种内的LF氨基酸序列比对,发现了新的氨基酸变异位点(人8个、小鼠6个、山羊2个、牛10个、猪20个、绵羊3个)。物种间的遗传分化明显,系统发生树所显示的物种的聚类关系与NCBI物种的分类学一致。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 黄林;王永;隗笑;杨发龙;徐亚欧;郑玉才;;山羊乳上皮黏蛋白MUC1基因和蛋白多态性的研究[J];四川动物;2011年04期
2 陈暖;杨佩燕;杨姣;刘志学;;基于体尺指标的山羊品种SPSS判别分析方法[J];上海农业学报;2011年02期
3 蔡惠芬;陈志;罗卫星;刘若余;张依裕;李敬瑞;;山羊成纤维生长因子受体(FGFR1)基因的多态性检测[J];贵州畜牧兽医;2011年04期
4 赵中权;刘小艳;张旭刚;李周权;赵永聚;张家骅;;西南地区5个山羊遗传新资源的遗传多样性和亲缘关系分析[J];中国畜牧杂志;2011年13期
5 吴诗;姜勋平;蔡忠亮;;基于GIS的中国山羊品种资源管理系统研制[J];中国草食动物;2011年04期
6 杨乾;张峰;王蒂;张俊莲;杨宏羽;刘玉汇;;EMS诱变筛选马铃薯茎段离体耐盐变异体[J];核农学报;2011年04期
7 张海;张真举;;山羊的饲养与繁殖技术[J];科学种养;2011年07期
8 程洪花;;皮肉兼用山羊良种介绍[J];新农村;2011年08期
9 马桂变;张理峰;;尧山白山羊品种资源调查及开发利用建议[J];河南畜牧兽医(综合版);2010年12期
10 李长强;;肉用山羊高效养殖技术[J];科学种养;2011年08期
11 刘铮铸;巩元芳;付志新;张传生;张文香;宋瑜;马艳华;;山羊MyoG基因内含子Ⅱ变异及其在体质量上的遗传效应分析[J];畜牧兽医学报;2011年07期
12 刘明稀;卢少云;郭振飞;;假俭草耐寒变异体的筛选及其生理鉴定[J];草地学报;2011年04期
13 常青;姜怀志;陈娟;杨永梅;;世界山羊选育的现状及展望[J];中国畜牧兽医;2011年08期
14 李树发;张颢;邱显钦;葛红;蹇洪英;王其刚;晏慧君;唐开学;;切花月季~(60)Co γ辐照诱变育种初报[J];核农学报;2011年04期
15 李春杰;;正确认识和利用波尔山羊[J];农村养殖技术;2011年12期
16 徐艳;李茵;;碱裂解法提取P.ananatis变异体质粒DNA改良研究[J];安徽农业科学;2011年16期
17 王文艳;王力荣;初建青;杨光;谭洪花;宋长年;房经贵;;桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特征[J];西北农业学报;2011年06期
18 曾琼;史忠辉;;贵州省黔北麻羊的形成及利用[J];中国草食动物;2011年04期
19 郑延平;;介绍奶山羊优良品种[J];北京农业;2011年22期
20 李金泉;;我国绒山羊遗传资源的保护与改良[J];中国畜牧业;2011年18期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 毛杨毅;罗惠娣;郭慧慧;王志武;李俊;张冠武;王栋才;李希;张喜忠;田辉;雷福林;王曙光;董玉刚;;山西地方山羊品种遗传多样性的微卫星分析[A];中国畜牧兽医学会养羊学分会全国养羊生产与学术研讨会议论文集[C];2010年
2 王琼;刘武军;喻世刚;秦忠凯;;IGF-1基因在两个新疆地方山羊品种中的多态性研究[A];第十二次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2010年
3 胡耀敏;刘伟;黄融;张小英;;脂蛋白脂酶基因Asn291Ser变异体与血脂、血糖代谢异常的系统评价[A];2006年中华医学会糖尿病分会第十次全国糖尿病学术会议论文集[C];2006年
4 邓晶;劳伟峰;黄学锋;;RON变异体RON△170对自身酪氨酸磷酸化变异体RON△160的显性抑制作用[A];2009年浙江省肿瘤外科学术年会暨肿瘤外科规范化诊治学习班论文汇编[C];2009年
5 肖波涛;陈娟;龙勉;;PSGL-1酪氨酸变异体的动力学分析[A];中国生物医学工程学会第六次会员代表大会暨学术会议论文摘要汇编[C];2004年
6 李奎;温宏武;廖秦平;;子宫内膜癌中雌激素受体亚型α第五外显子变异体的表达[A];第八次全国妇产科学学术会议论文汇编[C];2004年
7 王勤彩;刁桂苓;;板内、板缘地震序列特征差异的探讨[A];中国地震学会第八次学术大会论文摘要集[C];2000年
8 张显成;徐成钦;;成都麻羊及其养殖要点[A];中国畜牧兽医学会养羊学分会全国养羊生产与学术研讨会议论文集[C];2005年
9 刘伟;黄融;刘珉;;SF-1基因变异体Gly146Ala与胰岛素抵抗及2型糖尿病的相关研究[A];2006年中华医学会糖尿病分会第十次全国糖尿病学术会议论文集[C];2006年
10 王桂兰;鲁继荣;成焕吉;马青山;张云峰;;IL-4变异体表达载体的构建及其在真核细胞BHK-21的表达[A];中华医学会第十四次全国儿科学术会议论文汇编[C];2006年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘宁;中国南方主要地方山羊品种遗传多样性及进化特征的研究[D];甘肃农业大学;2005年
2 刘铮铸;山羊肌肉生长抑制素基因多态性及其与生产性能相关性研究[D];内蒙古农业大学;2006年
3 杨国锋;大足黑山羊地方类群多胎性及与周边山羊品种亲缘进化关系分子标记研究[D];甘肃农业大学;2006年
4 王杰;中国11个山羊品种遗传多样性与起源分化研究[D];西北农林科技大学;2007年
5 蓝贤勇;山羊重要功能基因遗传分析及其与经济性状的关系[D];西北农林科技大学;2007年
6 狄冉;中国产绒山羊微卫星和单核苷酸多态性研究[D];中国农业科学院;2008年
7 毛凤显;贵州和邻近地区山羊品种微卫星遗传多样性及微卫星与考力代羊体重等性状的遗传连锁研究[D];甘肃农业大学;2004年
8 李力;四川各地黑山羊分子遗传特征研究[D];四川大学;2006年
9 陶晶;东北主要杨树抗盐机理及抗性品种选育的研究[D];东北林业大学;2002年
10 沈霞;小鼠及人顺式作用元件CArG序列特征及进化研究[D];西北农林科技大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 康静粉;山羊LF基因序列分析及SNPs研究[D];河北农业大学;2009年
2 冯付军;山羊毛色稀释位点候选基因MLPH研究[D];河北农业大学;2008年
3 王建涛;山羊毛色稀释位点候选基因RAB27A基因研究[D];河北农业大学;2008年
4 杨清芳;五个山羊品种遗传多样性的微卫星分析[D];河北农业大学;2011年
5 张娜娜;11个微卫星和BMP15外显子在两个山羊品种中遗传多样性研究[D];河南科技大学;2010年
6 方毅;新疆山羊品种KAP13.1和IGF-1基因的遗传变异及其与经济性状的相关性研究[D];新疆农业大学;2010年
7 武艳平;五个山羊品种微卫星DNA的遗传多样性研究[D];山西农业大学;2005年
8 唐春娟;山羊Agouti基因与毛色表型相关分析及其遗传变异的研究[D];河北农业大学;2008年
9 祁昱;中国10个山羊品种遗传多样性的微卫星分析[D];西北农林科技大学;2008年
10 李俊营;五个山羊品种微卫星和DQA基因的遗传多样性研究[D];西北农林科技大学;2007年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 王海波 白震方;武安山羊品种保护项目获批[N];河北日报;2010年
2 王俊;凝血酶原变异体增加与HRT相关的心梗风险[N];中国高新技术产业导报;2001年
3 李光祥;我州加速改良黑山羊品种[N];楚雄日报(汉);2006年
4 许东生;养羊不可盲目推崇波尔山羊[N];科学导报;2005年
5 王桂香;四大山羊优良品种[N];中国畜牧兽医报;2007年
6 河北农业大学动物科技学院 张英杰(研究员);我省奶山羊发展现状及对策[N];河北科技报;2006年
7 晓立;我国肉用山羊研究有重大突破[N];农民日报;2001年
8 东平县畜牧局高级兽医师 郑延平;优良奶山羊品种[N];山东科技报;2008年
9 锺光江;叶尔夏提:“白绒山羊博士”[N];中国民族报;2006年
10 吕方铝;竹山养羊技术(一)[N];福建科技报;2006年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978