收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

凡纳滨对虾分子标记的开发及其在遗传育种中的应用

于洋  
【摘要】:凡纳滨对虾的遗传育种是推动产业发展的重要基础,传统的选育方法在过去的二十多年中取得了丰硕的成果,但是传统选育面临的选育周期长、效率低、复杂性状选择效果差等问题制约着遗传育种的进展速度。随着分子标记技术的发展和成熟,分子标记在遗传选育中的应用越来越广泛,利用分子标记辅助育种可以显著地加快选育的进程。本论文采用高通量方法批量开发了凡纳滨对虾的SNP和微卫星标记,并使用分子标记技术解决遗传育种中的一些实际问题;构建了凡纳滨对虾的高密度遗传连锁图谱并对重要经济性状的分子标记进行了定位。该研究为凡纳滨对虾的标记辅助选育和全基因组选择育种提供了重要的基础。 本论文的主要进展如下: 1.建立了从高通量二代测序的凡纳滨对虾转录组数据中开发SNP的方法,成功开发凡纳滨对虾SNP标记96,040个,并分析了SNP在对虾中的分布特征。结果表明:凡纳滨对虾转录组SNP出现的频率为0.21%,其中SNP发生转换和颠换的比率为2.0:1;在所挖掘的SNPs中,5,242个为非同义SNP,29,129为同义SNP,23,422个位于UTR区域;实验验证结果表明,此方法发掘的SNP位点具有较高的准确率。这些SNPs的挖掘,可以为后续高密度遗传连锁图谱构建和全基因组关联分析提供重要基础。 2.利用凡纳滨对虾的基因组和转录组测序数据挖掘了大量微卫星序列。分析发现对虾基因组和转录组中微卫星出现的频率较高,转录组为17%,基因组中达77%;通过混池分型的方法对部分微卫星标记的多态性进行了分析,显示基因组发掘的微卫星多态性较转录组发掘的微卫星多态性高。本研究为后续使用微卫星标记进行遗传学研究奠定了良好基础。 3.建立了利用微卫星标记对凡纳滨对虾家系进行鉴定的多重PCR体系,通过两次PCR扩增,就可以成功实现对家系的鉴定。使用该体系对8个具有不同亲缘关系的家系进行了鉴定,发现即使对亲缘关系较近的家系也能很好地进行鉴别,平均鉴定准确率达98%。该方法实现了凡纳滨对虾快速高效的家系鉴定,为在遗传选育中使用分子标记进行家系鉴定提供了方法基础。 4.发展了一套使用微卫星和线粒体控制区标记对累代选育的对虾新品种进行鉴定的方法,利用5个微卫星标记的分型信息和线粒体控制区单倍型的信息,可以成功地对凡纳滨对虾“科海1号”新品种进行鉴定,鉴定准确率达到了89%,该方法也为其他选育品种的鉴定提供了参考。 5.成功构建了凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,雌雄图谱均包含44个连锁群,与凡纳滨对虾单倍体染色体数目一致,其中雌性图谱包含4,396个标记,总图距为5,657.42cM,标记间平均图距为1.29cM;雄性图谱包含标记4,201个,总图距6,143.95cM,标记间平均图距1.46cM,利用图谱整合的方法构建了雌雄图谱的整合图谱,共包含标记6,146个,44个连锁群,总图距4,271.43cM,标记间平均图距0.7cM。利用构建的图谱数据分析了雌雄个体重组率的差异,发现在凡纳滨对虾中雌雄图谱重组率比值为1:1.06,无显著差异,但是不同连锁群的重组率差异较大。该高密度图谱的构建将为后续进行对虾重要经济性状的QTL定位、分子标记辅助选育、比较基因组学研究和辅助基因组组装提供帮助。 6.分别使用连锁分析和关联分析的方法对凡纳滨对虾生长和性别的QTL位点进行了定位。对于生长性状,通过连锁分析定位到生长的分子标记位点若干,分布于6个不同的连锁群上,通过全基因组关联分析定位到体长相关的三个分子标记,体重相关的两个分子标记和第三腹节宽相关的一个分子标记;对于性别,通过连锁分析的方法将性别标记定位到18号连锁群上,定位的区段包含大量的分子标记,同时利用已有的测序数据通过BSA方法对性别相关标记进行了发掘,获得若干性别相关的标记,进一步通过实验证实了两种方法获得的标记为性别连锁或相关标记,这些标记在雌性个体中为杂合基因型,在雄性个体中为纯和基因型,提示对虾的性别决定方式为ZW/ZZ型,本研究为进一步发掘对虾性别相关基因提供了重要参考。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 梁艳,黄倢,易志刚,张培军;对虾组织膜蛋白制备方法及其多肽组成[J];中国水产科学;2005年03期
2 陈优胜;张小森;易才妙;;凡纳滨对虾诱食剂的筛选和高效配合饲料在池塘养殖中的应用效果[J];福建农业学报;2005年S1期
3 斯烈钢;吴雄飞;王建平;;凡纳滨对虾健康苗种生产技术操作规程[J];黑龙江水产;2006年03期
4 郑连明,林元烧,曹文清,方旅平,周美玉,王桂忠;凡纳滨对虾线粒体DNA COI基因片段序列[J];厦门大学学报(自然科学版);2005年06期
5 王鸿霞;吴长功;张留所;相建海;;微卫星标记应用于凡纳滨对虾家系鉴别的研究[J];遗传;2006年02期
6 李纯厚;秦红贵;贾晓平;田丽霞;;养殖密度对凡纳滨对虾能量转换效率的影响研究[J];南方水产;2006年01期
7 金利华;骆晶晶;邹海鹰;林圣彩;叶志云;;凡纳滨对虾G蛋白Gα_s基因的克隆和功能鉴定[J];厦门大学学报(自然科学版);2006年03期
8 张新明;付宁;;微生态制剂对凡纳滨对虾促生长作用试验[J];水利渔业;2006年04期
9 李继秋;谭北平;麦康森;;白斑综合征病毒与凡纳滨对虾肠道菌群区系之间关系的初步研究[J];上海水产大学学报;2006年01期
10 彭敏;陈晓汉;曾地刚;马宁;李咏梅;;凡纳滨对虾α-淀粉酶基因的SNPs检测[J];水产科学;2008年07期
11 杨明;丁福江;臧维玲;刘永士;侯文杰;;淡化养殖凡纳滨对虾排氨率的研究[J];江苏农业科学;2011年04期
12 王芳,穆迎春,董双林,董少帅,黄国强;去眼柄对凡纳滨对虾稚虾蜕皮和生长的影响[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2004年03期
13 潘剑雄;林小涛;程炜轩;章超桦;洪鹏志;林继辉;;虾头提取物对凡纳滨对虾生长和免疫因子的影响[J];生态科学;2005年04期
14 斯烈钢;吴雄飞;王建平;;凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei Boone)健康苗种生产技术操作规程[J];现代渔业信息;2006年05期
15 孙成波;何建国;黎子兰;陈锚;;凡纳滨对虾和斑节对虾对WSSV敏感性的比较[J];湛江海洋大学学报;2006年03期
16 杨彦豪;陈秀荔;赵永贞;王大鹏;韦嫔媛;陈晓汉;;分子标记技术在凡纳滨对虾中的应用进展[J];安徽农学通报;2008年07期
17 李刚;刘小林;黄皓;;凡纳滨对虾体重校正系数研究[J];安徽农业科学;2010年01期
18 赵光凤;李广丽;朱春华;;凡纳滨对虾促雄性腺的组织学初步观察[J];广东海洋大学学报;2010年06期
19 周俊芳;杨先乐;万夕和;沈辉;房文红;;不同靶点shRNA干扰对虾白斑综合征病毒增殖效果分析[J];华中农业大学学报;2011年01期
20 吴伟立;施振宁;柏张春;;凡纳滨对虾微咸水土池混养瓯江彩鲤试验[J];水产科技情报;2011年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘小龙;杨林;习欠云;汪元梅;江青艳;张永亮;;凡纳滨对虾过氧化物还原酶基因的克隆和鉴定[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
2 杨利艳;曹文红;吉宏武;章超桦;;超低温速冻凡纳滨对虾的保水工艺研究[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
3 丁兆坤;辛文伦;陈秀荔;肖群平;陈晓汉;;凡纳滨对虾亲环素A基因的克隆及表达[A];中国甲壳动物学会第十一届年会暨学术研讨会论文摘要集[C];2011年
4 张晓军;张同武;赵翠;张兵;柳承璋;李富花;胡松年;相建海;;凡纳滨对虾基因组的初步分析[A];中国甲壳动物学会第十一届年会暨学术研讨会论文摘要集[C];2011年
5 刘小龙;杨林;习欠云;熊接华;江青艳;张永亮;;复合植物多糖对凡纳滨对虾免疫及抗氧化功能的影响[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
6 曹平;黄翔鹄;李长玲;;颤藻对凡纳滨对虾生长和免疫相关酶活力的影响[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
7 杨世平;吴灶和;简纪常;;沼泽生红冬孢酵母对凡纳滨对虾抗氧化相关基因表达的影响[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
8 管越强;王慧春;康现江;;虾青素对凡纳滨对虾的免疫防护和抗氧化酶基因转录的影响[A];中国甲壳动物学会第十一届年会暨学术研讨会论文摘要集[C];2011年
9 曾名湧;郭红;刘尊英;曾惠;朱素芹;;凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)腐败变质与优势腐败菌群体感应研究[A];2010年中国农业工程学会农产品加工及贮藏工程分会学术年会暨华南地区农产品加工产学研研讨会论文摘要集[C];2010年
10 李桂英;宋晓玲;孙艳;;饲料中益生菌对凡纳滨对虾部分免疫酶活的影响[A];2010年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张莹;凡纳滨对虾和中华绒螯蟹免疫相关因子功能及应用的初步研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2010年
2 刘晓华;谷胱甘肽对凡纳滨对虾抗氧化防御的调控机理[D];华中农业大学;2010年
3 张健;免疫增强剂对凡纳滨对虾幼虾生长、免疫及抗应激的影响[D];中山大学;2012年
4 段妍;凡纳滨对虾游泳行为生理生态学实验研究[D];中国海洋大学;2012年
5 于洋;凡纳滨对虾分子标记的开发及其在遗传育种中的应用[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2014年
6 郜卫华;长期低盐胁迫诱导凡纳滨对虾肝胰腺差异表达基因的分析和鉴定[D];中国海洋大学;2012年
7 侯纯强;水中钙浓度对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)蜕皮和生长的影响及生理生态学机制[D];中国海洋大学;2011年
8 夏西超;KK-42对凡纳滨对虾生长发育相关基因时空表达的影响[D];河南师范大学;2011年
9 王晓璐;凡纳滨对虾抗脂多糖因子ALF-AVK基因的克隆及其特性研究[D];中国海洋大学;2013年
10 李喜莲;凡纳滨对虾肌肉组织中体重调控相关基因的筛选、克隆鉴定及功能研究[D];西北农林科技大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 陈淑湘;不同冷藏条件对凡纳滨对虾品质的影响[D];海南大学;2012年
2 刘晓敏;发酵制备腺苷甲硫氨酸及其对凡纳滨对虾的应激保护[D];广东海洋大学;2010年
3 王亮;凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)冰温气调保鲜技术的研究[D];中国海洋大学;2010年
4 池岸英;凡纳滨对虾微波蒸煮参数优化及风味成分分析[D];广东海洋大学;2012年
5 张新节;三种水环境下,饲料钾对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长和生理特性的影响[D];广东海洋大学;2011年
6 熊益民;凡纳滨对虾适宜蛋能比研究及添加酪氨酸、脯氨酸对其的影响[D];中山大学;2013年
7 冀培丰;一氧化氮合酶及其相关因子在凡纳滨对虾免疫反应中特性的研究[D];集美大学;2010年
8 杨长明;凡纳滨对虾人工授精与生长发育研究[D];西北农林科技大学;2010年
9 韦振娜;凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)对植物蛋白源的利用研究[D];广东海洋大学;2010年
10 冉维亮;环境因子对凡纳滨对虾性别分化的影响[D];广东海洋大学;2010年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 吴凡;“低盐养殖凡纳滨对虾食味劣化及调控”通过鉴定[N];中国渔业报;2010年
2 缪翼;“低盐凡纳滨对虾饲料风味改良剂”获国家专利[N];中国渔业报;2010年
3 ;水产原良种新增13品[N];中国渔业报;2011年
4 记者 侯小健;海南应建全国水产苗种南繁基地[N];海南日报;2009年
5 金阅;南海所调研四省对虾养殖现状[N];中国渔业报;2009年
6 金忠文 华建权 戴海平 吴仲宁;池塘底充式增氧设施的配置与应用[N];中国渔业报;2010年
7 本报记者 王婷 董颖;一方蓝色家园的拯救之道[N];浙江日报;2011年
8 记者 范南虹;海南3项科技获国家科技进步奖二等奖[N];海南日报;2009年
9 张玲;漳州7个项目入选省区域科技重大项目[N];闽南日报;2009年
10 记者 王建高 通讯员 邢桂芳 刘洋;十大重要科技成果 伴随60年艰苦创业[N];科技日报;2010年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978