收藏本站
收藏 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

扇贝、对虾基因组BAC文库构建及其重要功能基因的初步筛选和分析

张洋  
【摘要】: 基因组大片段BAC文库是进行生物遗传学和基因组学研究必不可少的基础工具。为了深入开展栉孔扇贝(Chlamys farreri)和凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)基因组学研究、阐明其基因组的结构与功能、图位克隆重要功能基因、构建高密度物理图谱并最终实现与已有遗传连锁图的整合,本研究在植物基因组BAC文库构建技术的基础上,针对海洋生物的特点进行了大胆的改革与尝试,最终成功构建了C. ferrari和L. vannamei两种重要海水养殖动物的基因组BAC文库。 本文构建的栉孔扇贝基因组BAC文库,由BamHI文库和MboI文库构成。其中BamHI文库含有73,728个BAC克隆,空载率约为1%,平均插入片段约为110 kb,覆盖栉孔扇贝单倍体基因组约8倍;MboI文库共有7,680个克隆组成,平均插入片段大小约为145 kb,插入率为100%,覆盖栉孔扇贝单倍体基因组约1.1倍。两个栉孔扇贝基因组BAC文库共由81,408个克隆组成,平均插入片段约为113 kb,覆盖率约为栉孔扇贝单倍体基因组大小的9.1倍。 将栉孔扇贝基因组BAC文库的192个384微孔培养板中的73,728个BAC克隆以4 x 4点阵形式制备了高密度DNA薄膜,用于对感兴趣的基因及DNA序列的筛选。高密度DNA薄膜的覆盖率约为栉孔扇贝单倍体基因组的8.3倍。针对栉孔扇贝先天免疫系统通路的6个重要功能基因,根据栉孔扇贝cDNA序列以及异缘物种DNA序列设计了Overgo探针。利用Overgo探针对高密度DNA薄膜杂交筛选的结果显示,平均每个基因检测到7.3个潜在阳性克隆。 本研究所构建的凡纳滨对虾基因组HindIII酶切BAC文库共有102,528个BAC克隆,存放于267个384微孔培养板中,平均插入片段大小约为101 kb,空载率约为5%,覆盖L. vannamei单倍体基因组约5倍。将其中240个384微孔培养板中的92,160个BAC克隆以4 x 4的矩阵排列形式制作了5张高密度凡纳滨对虾DNA薄膜,约覆盖整个对虾单倍体基因组的4.5倍。针对6个与对虾免疫、生殖生理有关的重要功能基因设计了Overgo探针,杂交筛选出20个阳性克隆,平均每个基因有3.3个潜在阳性克隆。 以上筛选结果不仅为进一步研究这些功能基因的结构与功能、表达与调控,揭示它们在扇贝和对虾以及其他近缘种的免疫系统、抗逆和生殖生理过程中的作用机理打下了基础,同时也间接验证了栉孔扇贝和凡纳滨对虾基因组BAC文库将成为基因筛选、基因的结构与功能分析、基因图位克隆、物理图谱构建以及大规模全基因组测序等方面的有力工具。


知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 潘鲁青,刘志,姜令绪;盐度、pH变化对凡纳滨对虾鳃丝Na~+-K~+-ATPase活力的影响[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2004年05期
2 张志栋,战文斌,薛艳红,邢婧;凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)感染白斑症病毒(WSSV)后大颗粒血细胞的变化[J];海洋与湖沼;2005年01期
3 ;凡纳滨对虾“科海1号”[J];科技致富向导;2011年16期
4 孙兆峰,王雷;中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)和凡纳滨对虾(Litopenaeus.vanna mei)血清酚氧化物酶活性的研究[J];高技术通讯;2001年12期
5 王芳,穆迎春,董双林,董少帅,黄国强;去眼柄对凡纳滨对虾稚虾蜕皮和生长的影响[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2004年03期
6 阎斌伦,李振玉,王桂春,李德尚;盐田低位池塘中对虾健康养殖技术[J];海洋科学;2004年12期
7 郑连明,林元烧,曹文清,方旅平,周美玉,王桂忠;凡纳滨对虾线粒体DNA COI基因片段序列[J];厦门大学学报(自然科学版);2005年06期
8 潘剑雄;林小涛;程炜轩;章超桦;洪鹏志;林继辉;;虾头提取物对凡纳滨对虾生长和免疫因子的影响[J];生态科学;2005年04期
9 王鸿霞;吴长功;张留所;相建海;;微卫星标记应用于凡纳滨对虾家系鉴别的研究[J];遗传;2006年02期
10 金利华;骆晶晶;邹海鹰;林圣彩;叶志云;;凡纳滨对虾G蛋白Gα_s基因的克隆和功能鉴定[J];厦门大学学报(自然科学版);2006年03期
11 马宁;陈晓汉;曾地刚;彭敏;李咏梅;;凡纳滨对虾组织蛋白酶L基因的单核苷酸多态性分析[J];武汉大学学报(理学版);2008年04期
12 于赫男;林小涛;许忠能;周小壮;;饥饿胁迫下凡纳滨对虾昼夜活动行为的变化[J];暨南大学学报(自然科学与医学版);2010年01期
13 马宁;曾地刚;陈晓汉;;凡纳滨对虾基因组fosmid文库的构建及钙离子通道基因的筛选[J];武汉大学学报(理学版);2010年03期
14 陈勇贵;梁秋玲;何建国;;几种理化因子对急性感染WSSV凡纳滨对虾的影响[J];中山大学学报(自然科学版);2010年06期
15 林红军;张吕平;沈琪;胡超群;;10个凡纳滨对虾全同胞家系淡水耐受性比较[J];海洋湖沼通报;2010年04期
16 陈晓汉;马宁;曾地刚;;凡纳滨对虾兰尼定受体基因亚克隆文库的构建及部分序列的测定[J];武汉大学学报(理学版);2011年01期
17 张琼;李喜莲;薛淑雯;刘小林;黄皓;相建海;;凡纳滨对虾EST-SSR标记的筛选及遗传多态性检测[J];海洋学报(中文版);2011年01期
18 穆迎春,王芳,董双林,董少帅;去眼柄对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)稚虾耗氧率昼夜节律的影响[J];海洋湖沼通报;2004年03期
19 姜永华,颜素芬,宋振荣;凡纳滨对虾卵母细胞卵黄发生的超微结构[J];动物学报;2005年01期
20 罗杰,钟志华,罗伟林;凡纳滨对虾(Litopenaeus Vannamei)高位池养殖中几个单项因子试验[J];海洋湖沼通报;2005年03期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 刘小龙;杨林;习欠云;熊接华;江青艳;张永亮;;复合植物多糖对凡纳滨对虾免疫及抗氧化功能的影响[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
2 刘小龙;杨林;习欠云;汪元梅;江青艳;张永亮;;凡纳滨对虾过氧化物还原酶基因的克隆和鉴定[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
3 曾名湧;郭红;刘尊英;曾惠;朱素芹;;凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)腐败变质与优势腐败菌群体感应研究[A];2010年中国农业工程学会农产品加工及贮藏工程分会学术年会暨华南地区农产品加工产学研研讨会论文摘要集[C];2010年
4 李桂英;宋晓玲;孙艳;;饲料中益生菌对凡纳滨对虾部分免疫酶活的影响[A];2010年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
5 吴燕燕;王萍;李来好;杨贤庆;刁石强;;凡纳滨对虾内源蛋白酶的分离纯化及酶学特性研究[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
6 杨利艳;曹文红;吉宏武;章超桦;;超低温速冻凡纳滨对虾的保水工艺研究[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
7 曹平;黄翔鹄;李长玲;;颤藻对凡纳滨对虾生长和免疫相关酶活力的影响[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
8 粟雄高;冷向军;李小勤;谭崇桂;刘波;柴仙琪;;柠檬酸对凡纳滨对虾生长、蛋白酶和免疫功能的影响[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
9 杨世平;吴灶和;简纪常;;沼泽生红冬孢酵母对凡纳滨对虾抗氧化相关基因表达的影响[A];渔业科技创新与发展方式转变——2011年中国水产学会学术年会论文摘要集[C];2011年
10 丁兆坤;辛文伦;陈秀荔;肖群平;陈晓汉;;凡纳滨对虾亲环素A基因的克隆及表达[A];中国甲壳动物学会第十一届年会暨学术研讨会论文摘要集[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张莹;凡纳滨对虾和中华绒螯蟹免疫相关因子功能及应用的初步研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2010年
2 刘晓华;谷胱甘肽对凡纳滨对虾抗氧化防御的调控机理[D];华中农业大学;2010年
3 张健;免疫增强剂对凡纳滨对虾幼虾生长、免疫及抗应激的影响[D];中山大学;2012年
4 段妍;凡纳滨对虾游泳行为生理生态学实验研究[D];中国海洋大学;2012年
5 郜卫华;长期低盐胁迫诱导凡纳滨对虾肝胰腺差异表达基因的分析和鉴定[D];中国海洋大学;2012年
6 郭彪;光照和温度波动对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)蜕皮和生长的影响及机制的初步研究[D];中国海洋大学;2010年
7 侯纯强;水中钙浓度对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)蜕皮和生长的影响及生理生态学机制[D];中国海洋大学;2011年
8 李喜莲;凡纳滨对虾肌肉组织中体重调控相关基因的筛选、克隆鉴定及功能研究[D];西北农林科技大学;2011年
9 夏西超;KK-42对凡纳滨对虾生长发育相关基因时空表达的影响[D];河南师范大学;2011年
10 王晓璐;凡纳滨对虾抗脂多糖因子ALF-AVK基因的克隆及其特性研究[D];中国海洋大学;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 薛姝雯;凡纳滨对虾分子标记遗传多态性与生长性状的关联分析[D];西北农林科技大学;2010年
2 杨长明;凡纳滨对虾人工授精与生长发育研究[D];西北农林科技大学;2010年
3 韦振娜;凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)对植物蛋白源的利用研究[D];广东海洋大学;2010年
4 王托;凡纳滨对虾对棉粕及菜粕的利用研究[D];广东海洋大学;2010年
5 冉维亮;环境因子对凡纳滨对虾性别分化的影响[D];广东海洋大学;2010年
6 程传龙;不同品质的鱼粉对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的影响[D];广东海洋大学;2010年
7 刘晓敏;发酵制备腺苷甲硫氨酸及其对凡纳滨对虾的应激保护[D];广东海洋大学;2010年
8 王亮;凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)冰温气调保鲜技术的研究[D];中国海洋大学;2010年
9 ANDRIANTAHINA Farafidy(安迪);凡纳滨对虾体重和体尺性状的遗传参数和选择育种效果研究[D];西北农林科技大学;2011年
10 张新节;三种水环境下,饲料钾对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长和生理特性的影响[D];广东海洋大学;2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 吴凡;“低盐养殖凡纳滨对虾食味劣化及调控”通过鉴定[N];中国渔业报;2010年
2 缪翼;“低盐凡纳滨对虾饲料风味改良剂”获国家专利[N];中国渔业报;2010年
3 ;水产原良种新增13品[N];中国渔业报;2011年
4 记者 侯小健;海南应建全国水产苗种南繁基地[N];海南日报;2009年
5 记者 范南虹;海南3项科技获国家科技进步奖二等奖[N];海南日报;2009年
6 金阅;南海所调研四省对虾养殖现状[N];中国渔业报;2009年
7 张玲;漳州7个项目入选省区域科技重大项目[N];闽南日报;2009年
8 记者 王建高 通讯员 邢桂芳 刘洋;十大重要科技成果 伴随60年艰苦创业[N];科技日报;2010年
9 通讯员 杨桂章 记者 黄粉扣;奉贤农委提供优质苗虾助虾农增收[N];东方城乡报;2010年
10 金忠文 华建权 戴海平 吴仲宁;池塘底充式增氧设施的配置与应用[N];中国渔业报;2010年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978