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中国流行的狂犬病病毒时空进化分析

孟胜利  
【摘要】: 本实验研究对分离于中国的6株狂犬病病毒街毒株毒株进行全基因组测序,并对基因组的5个结构基因(N、P、M、G和L)核苷酸和氨基酸序列以及及非编码区序列进行了全面的分析与比较,与来自GenBank的40株毒株从全基因组水平进行了分子进化研究。所测6株中国狂犬病病毒株全基因组核苷酸序列长度介于11907 nt(CQ92)和11924 nt(SH06和gg4)之间,结构相同,用全基因组和不同的结构基因构建的进化树拓扑结构相似,基因组3’和5’末端高度保守而且末端11个核苷酸互补配对,5个结构基因保守性依次是NLMGP,核苷酸同源性的最小值依次分别是81.9%、81.7%、80.7%、78.3%和76.7%。 在全基因组分析的基础上,我们对从全国各地共分离到的60株街毒株和CTN疫苗株N基因进行序列测定,并与GenBank中得到毒株组成一个共计167株、分离时间介于1931-2009年,来源于全国20个省的毒株的N基因序列进行全面的系统进化分析,以探讨中国狂犬病病毒株的基因分型和分组情况、时间和空间的动态进化。我们发现目前分离于中国毒株都属于基因1型狂犬病病毒,可以分为2个进化分支共计8个组,分支Ⅰ包括1-4组,分支Ⅱ包括5-8组,组内核苷酸同源性≥93.2%,氨基酸同源性≥94.3%;组间核苷酸差异性≥8.0%,氨基酸差异性≥1.7%;选择压力分析表明中国狂犬病病毒处于较强的净化选择约束下,狂犬病病毒N蛋白中的核苷酸突变主要是同义突变;运用贝叶斯中的马尔科夫链的蒙特卡洛方法估计中国狂犬病病毒N基因核苷酸的平均碱基替代率为4×10-4取代/位点/年,共同祖先出现在250年前;迁移分析表明中国狂犬病病毒株存在跨地域传播;我国狂犬病高发区流行的毒株(分支Ⅰ)与泰国、越南、菲律宾、印度尼西亚、马来西亚等东南亚国家分离的狂犬病病毒株同属于一个进化分支;分支Ⅱ的毒株在全球分布。


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