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6p21.3区域鼻咽癌相关基因及其单核苷酸多态性

黄华  
【摘要】: 鼻咽癌的种族性、地域和家族聚集特征提示其发病具有遗传易感性。目前为止,尚未发现与NPC明确相关的基因。有研究表明:6p21.3HLAI类和Ⅲ类基因序列之间可能存在NPC易感基因。然而,NPCLOH与CGH调查均未发现该区域有明显的大片段缺失与扩增,推测可能存在单个核苷酸的变异(SNPs)。 本研究通过生物信息学分析6p21.3TNFα至微卫星标记D6S1624之间的基因,选定可能与NPC发生相关的基因中含有cSNP的序列。利用DHPLC检测PCR序列变异,并测序验证。关联分析法比较鼻咽癌和对照组SNPs杂合频率差异,以期筛选NPC相关基因。 PCR扩增分布于7个侯选基因中的10个片段,包括NPC组织、NPC外周血及对照外周血标本共2521份。DHPLC检出511个杂合子,其中4号片段(PPP1R10基因)鼻咽癌与对照组的杂合率分别为28.3%和10.1%,x~2=9.55、P=0.002,鼻咽癌组的相对风险是对照组的3.5倍(OR=3.5,P<0.01;95%CI=1.53~7.99)。 测序证实该片段杂合子为PPP1R10基因15110位的一个新SNPs位点,为内含子中的A-G转换,理应不影响蛋白序列和结构。根据基因连锁原理,推测在其附近可能存在NPC遗传易感基因,以它为标记将有望克隆出该易感基因。 选择代表性的纯合与杂合子测序,发现了6个新的SNPs候选位点,其中4个位于内含子内,1个位于5'非翻译区,一个在外显子中,需要加大样本量确定它们的人群基因型频率分布。另外,证实5个已知SNP 黄华 巾沫e学D匕中色e 第一军医大学 位点及其基因型。 分析NPC组织与配对血结果,约48%NPC组织标本出现SNP位 点的点突变,提示NPC组织有基因组不稳定性。 本研究应用 DHPLC筛选印.3 MHC区域内 SNPS标记,部分结果 为克隆NPC易感基因打下了基础,同时为中华民族SNPs研究提供了有 用的数据。


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