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十三种化合物诱导的小鼠原代培养肝细胞基因表达谱的聚类分析

胡冉  
【摘要】:基因芯片技术与基因组学研究成果应用到毒理学领域中,推动了毒理基因组学的诞生。毒理基因组学是生物信息学和基因组学相结合的一个新分支学科,是研究基因组与外来化合物对机体不利影响之间关系的学科。毒理基因组学首先将帮助我们了解基因的多态性对化合物毒性是否产生影响;其次将使我们可以在基因表达层次上了解化合物染毒与基因表达改变之间的关系,以便更好地了解化合物的毒作用机理;最后使在基因组水平上对毒物进行分类成为可能。本课题设想利用基因芯片技术来研究3类共计13种化合物所诱导的小鼠原代培养肝细胞基因表达谱,通过对基因表达谱的聚类分析,找出不同化合物的特异“基因指纹”,建立数据库,对化合物在基因组反应水平上进行分类的尝试,使化合物的分类与其诱导的基因表达谱联系起来。同时对所研制的毒理学基因芯片用于化合物毒性分类进行探索。主要的结果如下: 一、小鼠毒理基因芯片检测平台的建立 与香港城市大学合作,共同研制开发了小鼠毒理基因芯片。 1.选择了1796个基因作为芯片组成,主要涉及细胞生长与维持、应激反应、转录、信号传导、翻译、转运、代谢、细胞外基质等八个方面。 2.从NIA小鼠15K和7.4KcDNA文库中拷贝出毒理芯片所挑选的基因克隆进行PCR扩增,扩增产物的合格率为97.57%,说明小鼠毒理芯片的基因文库复制、扩增是成功的。 3.采用PicoGreen荧光染色检验芯片点样情况,结果显示芯片的荧光染色均匀,信号强度较高,表明靶标的点样和附着情况良好,芯片质量合格,可以用于下一步的芯片杂交实验。 4.阳性对照基因的变异系数均在0.15以下,表明芯片结果的变化幅度较小,结果是可靠的。 5.同批次芯片杂交检验和不同批次芯片杂交实验结果显示,同批次和不同批次的两张芯片实验结果的Pearson相关系数分别为0.908和0.887;差异表达基因的一致率


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