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胃癌基因芯片差异表达基因的验证和筛选

黄海力  
【摘要】:背景:胃癌的发病率和死亡率很高,目前缺乏有效的诊治手段。基因芯片是全面了解胃癌的发生发展机制,筛选生物学标志物的重要手段,但要从中筛选出有价值的指标需要多方面的验证分析。 目的:从基因芯片中筛选有价值的差异表达基因。 方法: 1、挑选8个基因芯片实验中显示的胃癌差异表达基因,加S100蛋白家族中S100A2,S100A4,AKR1C2共11个基因,用RT-PCR和REAL-TIME PCR方法分析这11个感兴趣基因在22例新鲜胃癌组织及对应的正常胃黏膜组织的差异表达。 2、构建包含208例1020个组织点有预后资料胃癌患者的组织芯片,每一例患者组织均进行配对设计。 3、用免疫组化方法检测了S100A2,S100A4,S100A6蛋白在胃癌芯片中的表达,构建正义以及反义FAM3B基因的CRNA探针,用原位杂交方法检测了它在胃癌芯片中的表达。分析上述基因与胃癌临床病理指标以及预后的相关性。 4、构建S100A2干扰载体,通过瞬时转染,RT-PCR和WESTERN检测筛选了S100A2基因的有效干扰序列。 结果: 1、RT-PCR和REAL-TIME PCR验证的8个基因中,与基因芯片结果一致的基因有5个,它们是:S100A6,IGFBP4,AKR1C2,FAM3B,SAFB1,CKBB。吻合率为62.5%。以BETA-MICROGLOBIN为内标,用REAL-TIME PCR定量分析了S100A2,S100A4,S100A6基因表达,他们在胃癌中表达升高的比率分别为80%,55%,74%。表达升高的倍数分别为:10.78,2.31,2.25倍。它们相对于β2-microglobulin表达丰度分别为2.83E-04,6.44E-02,0.41。 2、成功构建了胃癌转移以及预后组织芯片,共1020点,组织点有效率为98%。 3、免疫组化显示,正常胃黏膜,癌灶,淋巴结转移灶S100A2,S100A4,


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